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文章转载于新智元
谷歌旗下的同样由 DeepMind CEO Demis Hassabis 担当 CEO 的 Isomorphic Labs 宣布了被 Nature 称为「AlphaFold 4」的新一代 AI 药物设计引擎 IsoDDE。。。。。
它周全碾压前代，， ， ，，，，却选择完全闭源。。。。。
AI 造�？？ ？？？？？蒲У幕平鹗贝�，， ， ，，，，可能正在关上大门。。。。。
2024 年，， ， ，，，，Demis Hassabis 由于 AlphaFold 站上诺贝尔领奖台。。。。。
这个能展望卵白质三维结构的 AI 模子，， ， ，，，，被 190 多个国家凌驾 300 万研究者使用，， ， ，，，，堪称 AI 惠及全人类的标杆案例。。。。。
诺贝尔委员会夸奖的，， ， ，，，，与其说是一个算法，， ， ，，，，不如说是一种精神——把最强盛的科学工具免费交到每一个研究者手中。。。。。
16 个月后，， ， ，，，，AlphaFold 的继续者亮相了。。。。。
2 月 10 日，， ， ，，，，Hassabis 开办的 AI 制药公司 Isomorphic Labs 宣布了 27 页手艺报告，， ， ，，，，展示一套名为 IsoDDE 的药物设计引擎，， ， ，，，，性能周全碾压 AlphaFold 3，， ， ，，，，被哥伦比亚大学盘算生物学家 Mohammed AlQuraishi 评价为「AlphaFold 4 级别的重大前进」。。。。。
https://storage.googleapis.com/isomorphiclabs-website-public-artifacts/isodde_technical_report.pdf
但这一次，， ， ，，，，代码不会果真，， ， ，，，，论文不会揭晓，， ， ，，，，要领不会共享。。。。。
Isomorphic Labs 总裁 Max Jaderberg 对 Nature 说得很直白：我们不妄想果真「秘方」。。。。。
AlphaFold 的开源传奇，， ， ，，，，很可能到第三代就是终点了。。。。。
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能力确实强得吓人
先说 IsoDDE 做到了什么，， ， ，，，，这有助于明确后面的争议为什么这么大。。。。。
打一个不太严谨的例如：若是把卵白质想象成一把锁，， ， ，，，，药物分子就是钥匙。。。。。
AlphaFold 做的事情，， ， ，，，，是帮你看清这把锁长什么样。。。。。
但光看到锁还远远不敷——你得知道钥匙插进去能不可转动，， ， ，，，，转得紧不紧，， ， ，，，，甚至你得发明锁上尚有没有别的你基础没注重到的钥匙孔。。。。。
IsoDDE 要回覆的就是这些更难的问题。。。。。
它是一个统一引擎，， ， ，，，，把结构展望、团结强度盘算、隐藏团结位点发明等能力整合在一起。。。。。
数字很能直观说明问题。。。。。
在一项专门磨练 AI 能否处置惩罚「从没见过的」新卵白结构的测试中（Runs N' Poses 基准），， ， ，，，，当测试样本跟训练数据的相似度低到 0-20% 时（这是最难的情形），， ， ，，，，IsoDDE 的乐成率是 AlphaFold 3（AF3）的两倍多。。。。。
60 个最难案例里，， ， ，，，，有 17 个案例是 AlphaFold 3 彻底失败而 IsoDDE 做对了。。。。。
AlphaFold 3 在此示例中失败，， ， ，，，，IsoDDE 准确
在展望抗体怎样识别靶标这件事上，， ， ，，，，IsoDDE 的高精度展望乐成率是 AlphaFold 3 的 2.3 倍，， ， ，，，，是另一个主流开源模子 Boltz-2 的近 20 倍。。。。。
最令偕行惊讶的是团结亲和力展望——也就是判断药物分子和靶点团结得有多紧。。。。。
这个使命古板上依赖一种叫 FEP 的物理模拟要领，， ， ，，，，盘算本钱极高，， ， ，，，，需要实验室提供晶体结构作为起点。。。。。
IsoDDE 在多个果真测试中不但周全凌驾所有 AI 要领，， ， ，，，，甚至凌驾了 FEP，， ， ，，，，并且它基础不需要任何实验数据做起点。。。。。
手艺报告里尚有一个特殊漂亮的案例。。。。。
有一个叫 cereblon 的卵白，， ， ，，，，科学家们花了 15 年，， ， ，，，，一直以为它只有一个药物团结位点。。。。。
直到今年年头，， ， ，，，，一篇新论文才通过实验发明了第二个隐藏的团结位点。。。。。
而 IsoDDE 仅仅输入这个卵白的氨基酸序列，， ， ，，，，就把两个位点所有找了出来——包括谁人藏了 15 年的。。。。。
实验室要做同样的事，， ， ，，，，需要腾贵的晶体浸泡实验和大宗时间。。。。。
IsoDDE 只要几秒钟。。。。。
AlQuraishi 说，， ， ，，，，他最震撼的是 IsoDDE 在完全生疏的分子系统上展现出的泛化能力，， ， ，，，，「这说明他们一定做了很是新颖的工具」。。。。。
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闭源：故事真正令人担心的部分
若是 IsoDDE 是一个通俗的商业软件，， ， ，，，，闭源天经地义，， ， ，，，，没什么好说的。。。。。
问题在于，， ， ，，，，它的前身 AlphaFold 代表着一种截然差别的价值观。。。。。
AlphaFold 2 在 2021 年开源，， ， ，，，，配套论文揭晓在 Nature 上，， ， ，，，，展望效果免费向全球开放。。。。。
这件事的意义远超手艺自己——它证实晰一种可能性：由科技巨头资助的前沿 AI 研究，， ， ，，，，可以真正成为全人类的公共品。。。。。
凌驾 300 万科学家用它做了自己的研究，， ， ，，，，无数项目因此加速，， ， ，，，，生物学的整条河流被它改变了流向。。。。。
2024 年的 AlphaFold 3 同样揭晓了论文，， ， ，，，，虽然代码开源的速率引发过争议，， ， ，，，，但最终也面向学术界开放。。。。。
IsoDDE 突破了这个古板。。。。。
27 页手艺报告里险些没有模子架构和训练要领的任何细节。。。。。
Nature 的报道副问题直截了当：科学家们「只能推测怎样实现类似的效果」。。。。。
Jaderberg 对 Nature 说的话耐人寻味。。。。。他说希望这份报告能「激励」其他团队。。。。。
但 AlQuraishi 的反应生怕更能代表学术界的真实感受：「问题在于，， ， ，，，，我们对细节一无所知。。。。。」
有人以为 Isomorphic Labs 作为商业公司保�；；；；；；ぷ约旱慕沟闶忠胀ㄇ榇锢怼�。。。。这虽然没错。。。。。
但值得追问的是：当 AI 在科学领域的能力越来越强、越来越集中在少数公司手里时，， ， ，，，，这些能力的开放水平，， ， ，，，，谁来决议？？ ？？？？？
Isomorphic Labs 已经拿到 6 亿美元融资，， ， ，，，，跟礼来和诺华签了潜在价值近 30 亿美元的相助协议，， ， ，，，，内部运行着 17 条药物管线。。。。。
Hassabis 今年 1 月在达沃斯说，， ， ，，，，首批 AI 设计药物预计 2026 年底进入临床试验。。。。。
这家公司正在从一个科研机构酿成一台商业机械。。。。。
武田制药的盘算结构生物学家 Diego del Alamo 指出了另一个玄妙之处：Isomorphic Labs 此前投入大宗精神与药企相助，， ， ，，，，可能获得了大宗私有实验数据。。。。。
这些特殊数据对 IsoDDE 性能的孝顺有多大，， ， ，，，，外界无从知晓。。。。。
若是焦点优势来自数据壁垒而非算法立异，， ， ，，，，那所谓的「激励」就更像是一种姿态。。。。。
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开源阵营并没有认输
闭源引发焦虑，， ， ，，，，但也引燃了竞争。。。。。
Boltz-2 的团结开发者、非营利公司 Boltz 的首创人 Gabriele Corso 态度很明确：他不以为私有数据是要害因素，， ， ，，，，由于果真数据中仍然有大宗刷新空间。。。。。
IsoDDE 设定了一个新的性能基线，， ， ，，，，「需要追赶，， ， ，，，，也完全可以逾越」。。。。。
另一家公司 Deep Origin 更为高调，， ， ，，，，直接在 IsoDDE 宣布越日发声明说，， ， ，，，，自家的 DODock 引擎在 2025 年 8 月就已经在统一基准测试上抵达了可比的性能水平——用的是完全差别的手艺蹊径。。。。。
https://www.globenewswire.com/news-release/2026/02/11/3236623/0/en/Deep-Origin-Congratulates-Isomorphic-Labs-on-Catching-Up.html
开源社区已往两年也没闲着。。。。。
AlphaFold 3 宣布后，， ， ，，，，多个团队已经做出了靠近甚至部分逾越它的开源模子，， ， ，，，，包括 Boltz-1/2、Chai-1、Protenix 等。。。。。
AI 制药领域正在重演大语言模子领域的剧本：一家公司亮出惊艳的闭源效果，， ， ，，，，整个开源社区迅速跟进，， ， ，，，，差别从代际缩小到可以追赶的距离。。。。。
但这里有一个要害区别。。。。。
语言模子的训练数据：互联网文本，， ， ，，，，是近乎无限的公共资源。。。。。
而 AI 制药的训练数据，， ， ，，，，特殊是高质量的卵白质-药物实验数据，， ， ，，，，其中相当一部分掌握在药企手中。。。。。
若是闭源模子的护城河建设在私有数据上，， ， ，，，，开源追赶的难度就大得多。。。。。
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关上的门
这件事的影响可能凌驾药物研发领域自己。。。。。
已往几年，， ， ，，，，「AI 开源推动科学前进」是一个被普遍接受的叙事。。。。。
AlphaFold 是这个叙事最有力的证据。。。。。
每当有人质疑科技巨头的AI研究究竟惠及了谁，， ， ，，，，AlphaFold 都是最好的回覆——看，， ， ，，，，全天下 300 万科学家都在免用度它。。。。。
现在，， ， ，，，，当 AlphaFold 的直系子女选择闭源，， ， ，，，，这个叙事被撕开了一道口子。。。。。
它体现了一种可能的未来走向：
AI 在基础科学领域最强盛的工具，， ， ，，，，逐渐从公共品酿成商业资产；；；；；；；
突破性的效果以手艺报告而非偕行评审论文的形式宣布；；；；；；；
学术界能看到效果，， ， ，，，，但永远看不到要领。。。。。
Hassabis 一经说过，， ， ，，，，AI 应用于科学，， ， ，，，，是比语言模子更富厚的事业。。。。。这话没错。。。。。
但富厚的条件是开放。。。。。
当最强的科学 AI 只搪塞费客户洞开，， ， ，，，，科学配合体里的绝大大都人就只能在围栏外面看着。。。。。
AlphaFold 的诺贝尔奖章上刻着的，， ， ，，，，是把知识给予所有人的理想。。。。。
IsoDDE 的手艺报告里写着的，， ， ，，，，是一个更强盛的未来。。。。。
两者之间的距离，， ， ，，，，就是这个时代正在做出的选择。。。。。
参考资料：
https://www.nature.com/articles/d41586-026-00365-7
https://www.isomorphiclabs.com/articles/the-isomorphic-labs-drug-design-engine-unlocks-a-new-frontier
https://storage.googleapis.com/isomorphiclabs-website-public-artifacts/isodde_technical_report.pdf
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